Joanikije je za mitropolita crnogorsko-primorskog izabran na Svetom arhijerejskom Saboru SPC održanom proletos u Hramu Svetog Save u Beogradu.

Joanikija će u tron cetinjskih mitropolita uvesti patrijarh srpski Porfirije.

Vladika Joanikije je stupio na čelo Mitropolije crnogorsko-primorske nakon što je to mesto ostalo upražnjeno posle smrti mitropolita Amfilohija .