Prado je osnovao Fernando Sedmi u Madridu 1818. godine, a za javnost je prvi put otvoren 19. novembra 1819. godine, pod nazivom Kraljevski muzej slikarstva Prado. Izložena dela sakupljana su preko 300 godina i potiču iz različitih umetničkih zbirki kraljeva Španije koje su pripadale dinastijama Habzburga i Burbona. Nakon progona Izabele Druge 1868. godine, muzej menja ime u Nacionalni muzej Prado. Godine 1872. muzej je u svoju bogatu kolekciju uvrstio brojna nova umetnička dela koja su do tada bila u posedu španskih manastira. Posebno su zanimljive izvanredne kolekcije slika El Greka, Fransiska Goje kao i mnogih drugih španskih majstora kakvi su bili Dijego Velaskez, Hose de Ribera, Fransisko Zurbaran i Bartolomeo Esteban Muriljo. Prado poseduje i bogatu zbirku skulptura antičke Grčke i Rima, kao i brojna remek-dela flamanskih i italijanskih majstora, među kojima se ističu dela Hijeronima Boša.

Zgradu u kojoj se nalazi muzej Prado prvobitno je zamislio Jose Monjino i Redondo, grof Floridablanke i prvi državni sekretar kralja Karlosa Trećeg  kao Kraljevski kabinet prirodne istorije, u okviru niza naučnih institucija zamišljenih za novo doba prosvetiteljstva. Za taj cilj, Karlos Treći je imao jednog od svojih omiljenih arhitekta, Huana Viljanuevu, takođe autora susednog botaničkog vrta i astronomske opservatorije, s kojom čini grupu poznatu kao „brežuljak nauka“.

Arhitektonski projekat sadašnje pinakoteke Karlos Treći je odobrio 1786. godine. To je bio vrhunac karijere Viljanueve i jedan od vrhunaca španskog neoklasicizma, mada, i s obzirom na dugotrajnost radova i naknadne troškove, konačni rezultat donekle odstupa od početnog projekta. Građevinski radovi su sprovedeni tokom vladavine Karlosa III i Karlosa IV, i zgrada je bila praktično završena na početku 19. veka. Ali, dolazak francuskih trupa u Španiju i rat za nezavisnost ostavili su svoj trag na njoj; korišćena je u vojne svrhe (kao kasarna konjice) i u to vreme praktično svedena na ruševinu; olovne ploče krovova su topljene za proizvodnju metaka.

U Muzeju Prado se nalaze važne kolekcije evropske umetnosti koju po podacima iz februara 2017. godine čini više od 35.000 umetničkih i drugih predmeta. Oko 8.045 slika, oko 1.000 skulptura i oko 9.561 crtež, 5.973 grafička otiska, 34 grafičke matrice, 2.155 kovanih novčića, ordena i medalja i skoro 1.155 ukrasnih predmeta i drugih dekorativnih umetničkih dela, preko 15.000 fotografija, 4 rukopisne knjige i 155 ručno crtanih i grafički otisnutih mapa. Muzej je primio 2,8 miliona posetilaca 2012. godine. Zbog ograničenja prostora, u muzeju je izlagan izbor najkvalitetnijih dela (njih oko 900). Sa proširenjem kapaciteta koje je sprovedeno 2007. godine bilo je predviđeno da će izložena selekcija dela porasti za 50%, sa još 450 umetničkih dela. Pored toga, 2018. godine sobe severnog atika su ponovo otvorene, nakon čega je ukupni broj izloženih predmeta porastao na oko 1.700 umetnina.