Joanikije je, gostujući sinoć na RTV Podgorica, rekao da je zbog toga, kako je ocenio, neutemeljeno optuživati njega i pokojnog mitropolita Amfilohija da su bili zagovornici odvajanja crkve u Crnoj Gori od SPC.

"Odvojite se od Beograda i recite šta vam treba", preneo je Joanikije ono što je, prema njegovim rečima, tada Đukanović nudio i dodao da je lično bio svedok kada je Đukanović izneo takav predlog.

On je kazao da su veze Mitropolije crnogorsko-primorske sa Patrijaršijom i SPC čvrste i odbacio tvrdnje da su on ili Amfilohije zagovarali crkveni separatizam.
 
Govoreći o litijama organizovanim nakon usvajanja Zakona o slobodi veroispovesti krajem 2019. godine, Joanikije je rekao da one nisu bile politički projekat, već, kako je naveo, autentičan duhovni i narodni pokret koji je imao i političke posledice.
 
Prema njegovim rečima, litije nisu bile organizovane ni iz Beograda, ni iz Brisela, niti iz Moskve, već su nastale u Crnoj Gori kao reakcija na tada usvojeni zakon.
 
Joanikije je odbacio i tvrdnje da je tadašnji predsednik Srbije Aleksandar Vučić imao presudnu ulogu u organizovanju litija ili sprečavanju, kako je rekao, separatizma unutar SPC u Crnoj Gori.

On je kazao da su takve tvrdnje manipulacija i dodao da je Vučić, iznoseći ih, po mnogo čemu podsetio na Đukanovića.
 
Joanikije je rekao da nije bio pristalica Vučićeve vlasti, ali je pozitivno ocenio njegov postupak nakon izbora u Srbiji 25. oktobra, navodeći da je važno što je priznao poraz i čestitao pobednicima.
 
Kazao je da ga raduje "nova energija" koju su, prema njegovoj oceni, doneli mladi ljudi i građani koji su ih podržavali, i dodao da su pokazali strpljenje, kreativnost, patriotizam i sposobnost da ne odgovaraju na provokacije.