Plavšićeva se 10. januara 2001. godine dobrovoljno predala Haškom tribunalu pred kojim je 7. aprila 2000. optužena.

Osuđena je 27. februara 2003. na 11 godina zatvora. Iz Haga je 26. juna 2003. prebačena u Švedsku na izdržavanje kazne u zatvoru u Hinseberju, odakle je puštena krajem oktobra 2009. godine u Beograd, nakon odsluženja dve trećine kazne.

Nakon povratka u Beograd u nekoliko intervjua je pričala o svojim iskustvima sa Karlom del Ponte, tadašnjom tužiteljkom Haškog tribunala.

Kako je ispričala u intervjuu Njuzviku, tadašnja tužiteljka Haškog tribunala Karla del Ponte htela je da je "kupi boksom cigareta kako bi prisnije sarađivala s njom, a na kraju ju je, kako kaže, čak i mučila da bi je naterala da svedoči protiv Miloševića".

Kako je tada rekla, na to nije pristala.

- Dva dana, odnosno ukupno osam sati, Karla del Ponte me je mučila i terala da svedočim. Pitala sam je otkud taj sadizam... U jednom momentu je bila toliko nasilna da je skočila sa stolice i krenula ka meni, skoro da je htela da me udari. Na stolu je bila neka velika pepeljara, koju sam, da je načinila još dva koraka ka meni, htela da joj olupam o glavu. Srećom, moj advokat je bio tu i predložio je pauzu, te se to zaustavilo - otkrila je tada Biljana Plavšić. 

„Ubiću i tebe i tvog bratanca“! Šta se krilo iza sukoba Biljane Plavšić i Karadžića: Arkan joj priznao nešto što je šokiralo